Die Pfarrkirche zum Hl. Nikolaus erreicht man am besten über die kleine oder untere Kirchenstiege.
Die Stiege mit ihren reichverzierten Anfängersteinen ist besonders sehenswert. Von hier aus genießt man auch einen einmaligen Blick über den Markt Mauthausen und die Donau. Der Eingang der Kirche befindet sich heute auf der Nordseite. Genaue Angaben aus der Frühzeit der Kirche fehlen. Bei Grabungen wurden Reste eines Turmes und eines hochromanischen Kirchenbaues aus der zeit um 1200 gefunden. Die spätgotische Kirche stammt aus der Mitte des 15. Jh. Im 17. und 18. Jh. erfolgte die barocke Umgestaltung. In dieser Zeit wurden auch die Altarblätter des berühmten Barockmalers Johann Martin Schmidt, genannt Kremser Schmidt, angeschafft. Der weiterhin sichtbare Kirchturm der Mauthausener Pfarrkirche stammt aus den ersten Jahren des 20. Jh. Man entschied sich damals, anstelle des barocken Helms einen neugotischen Spitzhelm anzubringen. Seit 2001 zieren ein neuer Altar und ein Ambo die Pfarrkirche zum Hl. Nikolaus. Eine "Licht-Stiege" an der inneren Südwand bildet eine Gedankenbrücke zu den Geschehnissen im Gemeindegebiet von Mauthausen während der Zeit des Nationalsozialismus. An der Westseite befindet sich ein Rundfenster mit dem St. Florianer Tatzenkreuz, das auf die Zugehörigkeit der Pfarre Mauthausen zum Stift St. Florian hinweist.